De ahí en adelante, regularizada la existencia del claustro, se consagró la pequeña comunidad, como es natural, a la práctica de las virtudes cristianas propias del estado religioso, pero en una forma tal y con un método de vida tan peregrino, que en sus primeros tiempos y hasta la visita que le hizo el Presbítero Juan Dávila, el monasterio no fue otra cosa que una reunión de mujeres distinguidas dedicadas a trabajos manuales que entraban el hilado, el lavado de ropa y las labores de aguja, alternados con el rezo de las oraciones comunes. Las monjas, excepción hecha de la Abadesa Leonor de Orense, no sabían leer y nadie se preocupó hasta cuatro años después de fundado el monasterio de remediar esta necesidad principalísima. Por lo mismo no pusieron práctica el rezo del oficio divino que les señalaba la regla. Es verdad que la Abadesa puso en cononocimiento del Vicario Diego de Bracamente este hecho gravísimo, pero este eclesiástico no se creyó autorizado para ordenar la enseñanza de la lectura ni para dispensar ese ejercicio regular, y sólo se contentó con poner en conocimiento del Cabildo de Quito esa anomalía. En suma, vivían las monjas la vida tranquila de una familia de regular acomodo, dedicada voluntariamente al trabajo y al encierro absoluto, con las costumbres traídas de sus respectivos hogares, arregladas a lo que ellas creian una vida religiosa.
La Abadesa para su gobierno nombró como Vicaria a Doña Ana de Vergara; enfermera a Doña Juana Zambrano; portera a Doña Floriana Vásquez y sacristana a Doña Beatriz de Zúñiga, oficios que se confirieron por primera vez el 30 de enero de 1589, fecha en que se inauguró la ermita del convento, tanto para servicio de éste como para el del público. Tales oficios duraban un año y en ellos se alternaban las monjas en los primeros tiempos del monasterio, por nombramiento de forzosa aceptación, que más que como un cargo se recibían como una distinción honorífica.
Hacia 1594 aparece el convento mezclado en un primer ruidoso litigio (10): «Fue el caso que Bartolomé Chamorro, al iniciarse la fundación del Monasterio de Monjas, prometió ayudar a éste con la donación, por vía de Capellanía, de dos paradas de molinos y las tierras de la acequia para abajo que son en la orilla del río desta dicha ciudad.» (Se trata del antiguo molino llamado la Panadería). Tal donación la hizo Chamorro de manera solemne, al iniciarse la fundación del convento, y en 1590 la conformó por escritura pública con cargo de tres misas cada semana perpetuamente; pero un año y medio después, so pretexto de que las monjas no podían cumplir con la condición de la Capellanía, la revocó y traspasó los bienes que la constituían, también en forma de Capellanía, al convento de dominicos. Las monjas, por conducto de apoderado, y auxiliadas por poderosos valedores, que lo eran todas las personas de calidad de la ciudad, entre otros el Padre Alonso Garcìa Blanco Salmeròn, su Capellàn y Vicario de la ciudad, demandaron a Chamorro de la sentencia dictada por el Alcalde de la ciudad, Gonzalo Obando, pero mientras se surtia la paelaciòn y viendo el donante que las monjas tenian todas las probabilidades de ganar el pleito, por conducto de los dominicos que tenìan interès en el asunto, tratò de hacer desistir a las monjas mediante la siguiente transacciòn:
"El Prior y Convento de Sancto Domingo dan por el aparamiento de dicho pleito y hacen graciosa donaciòn a este Convento de Monjas de unas chàcaras de coca para siempre jamàs que son las que el dicho Convento de Sancto Domingo tenìa y poseìa en tierras de Sandonà a orillas del río grande que dicen Guáitara... y Bartolomé Chamorro demás de los dichos cocales que el dicho convento de Sancto, Domingo da y traspasa para siempre jamás a este convento de Monjas da trescientos pesos de buen oro de beinte quilates cada un peso..... y porque con esto el dicho convento queda más satisfecho y contento que con los dichos molinos y Capellanía..... y son pedacos de chácara de coca que tiene donde llaman los ingenyos (11)
"El Prior y Convento de Sancto Domingo dan por el aparamiento de dicho pleito y hacen graciosa donaciòn a este Convento de Monjas de unas chàcaras de coca para siempre jamàs que son las que el dicho Convento de Sancto Domingo tenìa y poseìa en tierras de Sandonà a orillas del río grande que dicen Guáitara... y Bartolomé Chamorro demás de los dichos cocales que el dicho convento de Sancto, Domingo da y traspasa para siempre jamás a este convento de Monjas da trescientos pesos de buen oro de beinte quilates cada un peso..... y porque con esto el dicho convento queda más satisfecho y contento que con los dichos molinos y Capellanía..... y son pedacos de chácara de coca que tiene donde llaman los ingenyos (11)
Ya por el tiempo del pleito, el convento se habia aumentado y adornado con la adquisición de siete hijas principalísimas de la ciudad, entre ellas las tres hermanas: Elvira, María y Gregoria de Zúñiga, ricas y de buen abolengo. Se había Introducido la práctica de cambiar el apellido por una advocación del Señor, o de la Virgen María, o el nombre de un santo, de acuerdo con los gustos de la Abadesa y las inclinaciones devotas de las monjas. Había muerto doña Ana de Vergara con el cargo de Vicaria y la había reemplazado Doña Elvira de la Trinidad. Se había nombrado maestra de novicias a doña Gregoria del Espiritu Santo y había abandonado el claustro, por falta de dote, doña Mariana del Castillo. De suerte que la comunidad, en octubre de 1589 se componía de las siguientes monjas profesas:
- Doña Leonor de Orense, Abadesa
- Elvira de la Trinidad, Vicaria
- María de Jesús, Depositaria
- Gregoria del Espíritu Santo, maestra de novicias
- Beatriz de Jesús
- Catalina de la Trinidad
- María de San Juan
- Juana de los Angeles
- Beatriz de la Encarnación
- Isabel de la Encarnación
- Ana de los Angeles
- Isabel de la Cruz
- Gerónima de Mideros
- Francisca de Porras
- Leonor de Aranda
- Lucila de Aranda
- Felipa de Aguila
- Micaela de Meneses
- Ana Hernández de Mora
- María de García
- Isabel Gazpar
- Rafaela de Cepeda
NOTAS: (10) V. «Boletín de Estudios Históricos-. Vol I. Pasto, '127. Pág. 209.
NOTA: (11) Esta transacción se llevó al cabo por medio de'escritura pública, para cuya selemnidad precedieron tres tratados en tres días diferentes, para lo cual se convocaba a las monjas «a campana tañida» a reunirse en el locutorio y allí se les prevenía por el Notario que pesasen las razones de necesidad y conveniencia del negocio;..